中國中醫(yī)科學院中藥研究所始建于1955年，是我國最早成立的一所中藥研究國家級專門機構(gòu)，自1983年起被確認為世界衛(wèi)生組織傳統(tǒng)醫(yī)學合作中心。

中藥研究所屠呦呦研究員由于發(fā)現(xiàn)青蒿素2011年被授予拉斯克臨床醫(yī)學研究獎，2015年獲得諾貝爾生理學或醫(yī)學獎，2016年獲得國家最高科學技術(shù)獎，2019年獲得“共和國勛章”。“胸懷祖國、敢于擔當，團結(jié)協(xié)作、傳承創(chuàng)新，情系蒼生、淡泊名利，增強自信、勇攀高峰”的青蒿素精神，不僅是以屠呦呦研究員為代表的一代代中醫(yī)藥工作者精神特質(zhì)的高度凝練，更是中醫(yī)藥行業(yè)共同的精神引領(lǐng)和價值追求。

中藥研究所擁有道地藥材品質(zhì)保障與資源持續(xù)利用全國重點實驗室、中藥質(zhì)量控制技術(shù)國家工程實驗室。擁有本草學、臨床中藥學、中藥資源學、中藥資源生態(tài)學、分子生藥學、中藥鑒定學、中藥化學、中藥化學生物學、中藥分析學、中藥藥劑學、中藥藥理學、中藥毒理學等12個國家中醫(yī)藥管理局高水平重點學科及國家級傳承基地—中藥炮制學。設有16個研究中心。擁有中國中醫(yī)科學院中藥資源中心、中國中醫(yī)科學院青蒿素研究中心2個掛靠管理單位。構(gòu)建了完善的中藥基礎(chǔ)和應用基礎(chǔ)研究、中藥新藥研發(fā)的研究體系和技術(shù)平臺。

設有中藥學碩士研究生、博士研究生培養(yǎng)點，是中國中醫(yī)科學院博士后科研流動站的培養(yǎng)單位。